我國保密工作組織機構(gòu)分為領(lǐng)導(dǎo)機構(gòu)和管理機構(gòu)兩大類。領(lǐng)導(dǎo)機構(gòu)的基本形式是各級黨組織的保密委員會(保密領(lǐng)導(dǎo)小組)。中央保密委員會是我國保密工作的最高領(lǐng)導(dǎo)層，省(自治區(qū)、直轄市)、地(市、州、盟)、縣(市、區(qū))三級黨委保密委員會是各地區(qū)保密工作的領(lǐng)導(dǎo)機構(gòu)。上級保密委員會對下級保密委員會的工作負有指導(dǎo)和監(jiān)督的職權(quán)，但是上下級保密委員會之間沒有直接隸屬關(guān)系。各級保密委員會都是由本級黨委組建，受本級黨委直接領(lǐng)導(dǎo)，代表本級黨委對其職權(quán)范圍內(nèi)的保密工作進行領(lǐng)導(dǎo)，對本級黨委負責(zé)。保密委員會的負責(zé)人一般由本級黨委領(lǐng)導(dǎo)班子中的負責(zé)同志擔(dān)任；委員由黨委、政府及有關(guān)部門的負責(zé)同志擔(dān)任。委員會內(nèi)部實行委員分工負責(zé)制。保密委員會下設(shè)辦公室，負責(zé)處理保密委員會的日常工作。

除地方各級黨委保密委員會外，中央和國家機關(guān)、地方各級黨政機構(gòu)，以及國有企事業(yè)單位也都設(shè)立有保密委員會，負責(zé)領(lǐng)導(dǎo)本部門、本單位及本系統(tǒng)的保密工作。

保密工作管理機構(gòu)的基本形式是政府的保密局和機關(guān)、單位的保密辦。國家保密局是全國保密工作的最高管理層，是國務(wù)院的職能部門，主管全國的保密工作。省(自治區(qū)、直轄市)、地(市、州、盟)、縣(市、區(qū))保密局，是各級政府管理保密工作的職能部門，對本級政府負責(zé)。國家保密局與中央保密委員會辦公室為一個機構(gòu)，兩塊牌子。地方政府保密局與本級黨委保密委員會辦公室，也是一個機構(gòu)，兩塊牌子。

除各級政府保密局之外，中央國家機關(guān)、縣級以上國家機關(guān)和涉及國家秘密的單位(如高校、大型企業(yè)單位、大型事業(yè)單位)，一般也設(shè)立保密工作管理機構(gòu)(通常稱保密辦公室或保密處)或指定某個部門承辦日常保密管理工作。