我院研究生在《Frontiers in Genetics》發(fā)表最新成果
近期，我院2020級(jí)臨床檢驗(yàn)診斷學(xué)碩士研究生文霄瑕 （論文第一作者，導(dǎo)師：冷平副教授）在血小板內(nèi)參基因篩選以及穩(wěn)定性驗(yàn)證研究中取得新進(jìn)展，從泛癌血小板轉(zhuǎn)錄組的數(shù)據(jù)集中篩選并驗(yàn)證候選內(nèi)參基因穩(wěn)定性，最終確定血小板泛癌最穩(wěn)定適合的內(nèi)參基因。相關(guān)研究成果以《Selection and Validation of Reference Genes for Pan-Cancer in Platelets Based on RNA-Sequence Data》為題發(fā)表于《Frontiers in Genetics》雜志（影響因子4.772）。
近年來的許多研究表明，血小板中的一些信使RNA（mRNA）可以用作診斷泛癌的生物標(biāo)志物。定量實(shí)時(shí)聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)（qRT-PCR）分子技術(shù)最常用于測定血小板中的mRNA表達(dá)變化。準(zhǔn)確可靠的相對(duì)qRT-PCR高度依賴于可靠的內(nèi)參基因。鑒于某些常用內(nèi)參基因的表達(dá)在某些條件下會(huì)改變，選擇和驗(yàn)證最適合血小板泛癌的內(nèi)參基因?qū)τ诨谘“遛D(zhuǎn)錄組學(xué)診斷多種癌癥是必要的。這項(xiàng)研究從血小板RNA測序數(shù)據(jù)集（GSE68086）進(jìn)行了生物信息學(xué)和功能分析，篩選出7個(gè)候選內(nèi)參基因（YWHAZ、GNAS、GAPDH、OAZ1、PTMA、B2M和ACTB）。這些候選內(nèi)參基因在另一個(gè)血小板RNA測序數(shù)據(jù)集（GSE89843）中驗(yàn)證也穩(wěn)定表達(dá)。然后，使用qRT-PCR來確認(rèn)這七個(gè)基因在泛癌患者（乳腺癌，結(jié)腸癌，非小細(xì)胞肺癌，肝膽管癌）和健康個(gè)體中的表達(dá)水平。使用內(nèi)部穩(wěn)定性分析軟件程序(the comparative Delta CT method,、geNorm、NormFinder和BestKeeper）對(duì)這些qRT-PCR結(jié)果進(jìn)行了分析，以按穩(wěn)定性下降的順序?qū)蜻x基因進(jìn)行排名。相比之下，GAPDH基因在所有測試樣本中都穩(wěn)定一致高表達(dá)。因此，GAPDH被推薦為最合適的泛癌血小板轉(zhuǎn)錄分析的內(nèi)參基因。總之，我們的結(jié)果可能在建立基于血小板的分子診斷平臺(tái)以診斷泛癌方面發(fā)揮重要作用。
圖1. 從血小板RNA測序數(shù)據(jù)集中篩選候選內(nèi)參基因的生物信息分析總體工作流程。
圖2. (A)驗(yàn)證七個(gè)內(nèi)參基因的穩(wěn)定性。（B-H）每個(gè)內(nèi)參基因與癌癥和健康組的驗(yàn)證。CT值反映了參考基因表達(dá)的豐度。CT值越高，表達(dá)水平就越低，反之亦然。CT值的標(biāo)準(zhǔn)偏差（SD）是所有測試樣本中候選參考基因表達(dá)穩(wěn)定性的示意圖指標(biāo)。框圖顯示了一個(gè)從第一個(gè)四分位數(shù)（第25個(gè)百分位數(shù)）到第三個(gè)四分位數(shù)（第75個(gè)百分位數(shù)）和中間位數(shù)（第50個(gè)百分位數(shù)）的框。
圖3. (A)根據(jù)德爾塔CT計(jì)算對(duì)三個(gè)內(nèi)參基因表達(dá)穩(wěn)定性進(jìn)行排序。（B）通過GeNorm分析對(duì)三個(gè)候選內(nèi)參基因穩(wěn)定性。（C）NormFinder分析中三個(gè)候選內(nèi)參基因的穩(wěn)定性。（D）BestKeeper算法分析以確定內(nèi)參基因的穩(wěn)定性。其中低值表示歸一化因子中的表達(dá)更穩(wěn)定。