我校作為牽頭單位，本草基因組學團隊組織全國相關科研院所開發(fā)了“千種本草基因組數(shù)據(jù)庫”（1K-MPGD，http://www.herbgenome.com/），作為“千種本草基因組計劃”的重要組成部分，用于存儲和整合藥用植物基因組及其重要活性成分成功構(gòu)建千種本草基因組數(shù)據(jù)。相關研究成果以“1K Medicinal Plant Genome Database: An integrated database combining genomes and metabolites of medicinal plants” 為題，近日正式發(fā)表于國際園藝頂級學術(shù)期刊《園藝研究》（Horticulture Research）（中科院一區(qū)）。該論文的通信作者是中醫(yī)藥創(chuàng)新研究院/交叉學科研究院陳士林首席教授和宋馳教授。
目前1K-MPGD已整合百余種藥用植物基因組數(shù)據(jù)及藥典中已記載的天然藥用成分信息，該平臺可鏈接藥用成分相應的KEGG compound，并包含了BLAST、JBrowse、Gene function research等在線工具，將“代謝物-基因-基因組”研究完美結(jié)合，為藥用植物研究者提供了專注于藥用植物基因組及代謝物研究的一站式平臺。1K-MPGD計劃在未來五年收集近千種藥用植物基因組及代謝物數(shù)據(jù)。同時，全球科學家正在對多種復雜的、具有挑戰(zhàn)性的藥用植物基因組進行測序和組裝。1K-MPGD將定期完成藥用植物基因組和代謝物數(shù)據(jù)更新，還將繼續(xù)開發(fā)新的功能拓展模塊。
基因組研究的快速發(fā)展助力藥用植物天然產(chǎn)物合成代謝的深入探究，對中草藥的研究和發(fā)展具有重要意義。由于缺乏結(jié)合藥用植物基因組和關鍵藥用成分的數(shù)據(jù)庫，限制了研究學者對藥用植物有效成分的深入研究和合成代謝通路鑒定。相信1K-MPGD將成為一個全球性的、活躍的藥用植物數(shù)據(jù)庫在線平臺，加速研究人員在新品種選育和重要次生代謝產(chǎn)物合成生物學的研究，為藥用植物資源研究提供長遠幫助。
圖1 千種藥用植物基因組數(shù)據(jù)庫架構(gòu)
論文鏈接：https://doi.org/10.1093/hr/uhac075
（供稿：中醫(yī)藥創(chuàng)新研究院/交叉學科研究院）