近日，我校中醫(yī)藥創(chuàng)新研究院陳偉課題組在Molecular Therapy雜志(醫(yī)學(xué)領(lǐng)域JCR一區(qū)，Top期刊，影響因子8.986)發(fā)表了題為"mRNALocater: enhance the prediction accuracy of eukaryotic mRNA subcellular localization by using model fusion strategy"的研究論文。
RNA分子在細(xì)胞中高度不均勻的分布是個(gè)體發(fā)育、局部蛋白質(zhì)翻譯和染色質(zhì)3D結(jié)構(gòu)形成的生物學(xué)基礎(chǔ)。特定RNA分子的亞細(xì)胞定位通過影響轉(zhuǎn)錄、蛋白質(zhì)合成，調(diào)節(jié)了細(xì)胞增殖、細(xì)胞極性、紡錘體組裝、細(xì)胞遷移等諸多生物過程。在RNA表達(dá)水平較低的情況下，實(shí)驗(yàn)技術(shù)因敏感性較差、空間分辨率低、亞細(xì)胞區(qū)域普適性差等弊端，導(dǎo)致其對(duì)RNA亞細(xì)胞定位的注釋存在偏差。因此亟需開發(fā)檢測(cè)RNA亞細(xì)胞定位的新方法。
陳偉課題組基于集成學(xué)習(xí)策略，通過使用權(quán)重加和的方式集成XGBoost、lightGBM和CatBoost算法，開發(fā)了一個(gè)具有強(qiáng)魯棒性生物信息學(xué)方法mRNALocater，并搭建了在線生物信息學(xué)分析平臺(tái) (http://bio-bigdata.cn/mRNALocater/)。目前，mRNALocater可以用于識(shí)別定位于5個(gè)不同亞細(xì)胞區(qū)域的mRNA。與mRNALoc相比，mRNALocater在4個(gè)評(píng)價(jià)指標(biāo)參數(shù)上都具有較好的性能。mRNALocater的提出為mRNA亞細(xì)胞定位研究提供了新方法和重要的技術(shù)支持。
mRNALocater構(gòu)建流程圖 mRNALocater與mRNALoc工具性能比較
科研思路的實(shí)現(xiàn)，離不開實(shí)驗(yàn)技術(shù)的有力支撐。中醫(yī)藥創(chuàng)新研究院一直致力于實(shí)驗(yàn)技術(shù)新方法的開發(fā)應(yīng)用，此次RNALocater的提出，是在mRNALoc方法上的改革創(chuàng)新，方便生物信息領(lǐng)域研究人員精準(zhǔn)定位RNA亞細(xì)胞，為后期研究各種疾病的發(fā)生、發(fā)展提供實(shí)驗(yàn)基礎(chǔ)。
我校中醫(yī)藥創(chuàng)新研究院助理實(shí)驗(yàn)師唐強(qiáng)為本文的第一作者，陳偉教授為本論文的通訊作者。本工作得到了中醫(yī)藥創(chuàng)新研究院生物信息平臺(tái)、國家自然科學(xué)基金委等單位的大力支持。
原文鏈接：http://lib.cdutcm.edu.cn:7001/rwt/28/https/MSYXTLUQPJUB/10.1016/j.ymthe.2021.04.004
（圖、文/中醫(yī)藥創(chuàng)新研究院 陳偉課題組 編輯/科技處 張慧敏）