近日，中醫(yī)藥創(chuàng)新研究院陳偉教授團(tuán)隊(duì)及合作者在生物信息學(xué)領(lǐng)域知名期刊《Bioinformatics》上發(fā)表了題為《DNA4mC-LIP: a linear integration method to identify N4-methylcytosine site in multiple species》的研究論文，提出了一種識(shí)別DNA胞嘧啶甲基化(N4-methylcytosine, 4mC)的新方法。
4mC作為重要的表觀遺傳修飾之一，在DNA修復(fù)、表達(dá)和復(fù)制等諸多生物過(guò)程中起著至關(guān)重要的作用。4mC位點(diǎn)的準(zhǔn)確識(shí)別將有助于深入研究其生物學(xué)功能和機(jī)制。由于現(xiàn)有實(shí)驗(yàn)方法成本高、操作時(shí)間長(zhǎng)等原因，亟需開(kāi)發(fā)識(shí)別4mC的新方法。
針對(duì)上述問(wèn)題，本研究首先基于獨(dú)立數(shù)據(jù)集對(duì)已有的4mC檢測(cè)方法進(jìn)行了系統(tǒng)性評(píng)價(jià)。然后使用集成學(xué)習(xí)方法，對(duì)當(dāng)時(shí)已經(jīng)報(bào)道的六種4mC檢測(cè)方法進(jìn)行加和集成，開(kāi)發(fā)了一個(gè)準(zhǔn)確率更高，性能更優(yōu)越的新工具DNA4mC-LIP。為了便于應(yīng)用，項(xiàng)目組還提供了該工具的在線服務(wù)http://i.uestc.edu.cn/DNA4mC-LIP/。DNA4mC-LIP的提出不僅彌補(bǔ)了實(shí)驗(yàn)檢測(cè)4mC位點(diǎn)耗時(shí)費(fèi)力的缺陷，也解決了現(xiàn)有理論方法準(zhǔn)確性不高的不足。
創(chuàng)新研究院陳偉教授團(tuán)隊(duì)的唐強(qiáng)與電子科技大學(xué)康娟娟博士為共同第一作者，陳偉教授與電子科技大學(xué)生命科學(xué)與技術(shù)學(xué)院的黃健教授、林昊教授為本文的共同通訊作者。該研究得到了國(guó)家自然科學(xué)基金、成都中醫(yī)藥大學(xué)杏林學(xué)者青年教師創(chuàng)新基金等項(xiàng)目的支持。
自2019年以來(lái)，陳偉教授團(tuán)隊(duì)圍繞核酸修飾在Briefings in Bioinformatics, Molecular Therapy-Nucleic Acids，Bioinformatics, Frontiers in Bioengineering and Biotechnology等期刊發(fā)表了相關(guān)學(xué)術(shù)論文10余篇。
文章鏈接：https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btaa143。
（圖、文/陳偉 編輯/科技處 張慧敏）