我院學(xué)者張楊副教授在生物制藥相關(guān)算法及數(shù)據(jù)庫(kù)研究領(lǐng)域取得進(jìn)展，形成了系列研究成果，在國(guó)際知名期刊發(fā)表多篇研究論文。

2024年4月11日，以“CodLncScape Provides a Self-Enriching Framework for the Systematic Collection and Exploration of Coding LncRNAs”為題，在《Advanced Science》（中科院一區(qū)，top期刊）發(fā)表卷首論文（frontispiece）。張楊副教授為該論文通訊作者。Coding lncRNA不同于傳統(tǒng)的RNA分類法，其同時(shí)具備RNA的編碼及非編碼功能，且二者能在特定條件下相互轉(zhuǎn)換。這一特性與傳統(tǒng)中醫(yī)中的太極陰陽(yáng)，相生相克的理念不謀而合。在這一思想的啟發(fā)與指導(dǎo)下，團(tuán)隊(duì)開發(fā)了一個(gè)可自我更新的coding lncRNA研究框架CodLncScape，該框架由四個(gè)互聯(lián)的模塊組成：codLncDB、codLncFlow、codLncWeb和codLncNLP，涵蓋了從知識(shí)庫(kù)構(gòu)建、生物分析管道到臨床診斷模型的建立，以及結(jié)合ChatGPT等多種大型語(yǔ)言模型的文本挖掘工具，為coding lncRNA的系統(tǒng)性研究提供了新路徑。

2024年4月1日，以“Cm-siRPred: Predicting chemically modified siRNA efficiency based on multi-view learning strategy”為題，在《International Journal of Biological Macromolecules》（中科院一區(qū), top期刊）發(fā)表研究論文，醫(yī)學(xué)技術(shù)學(xué)院2020級(jí)本科生潘賢潤(rùn)為第一作者，張楊副教授為通訊作者，在我校對(duì)外合作處的牽引指導(dǎo)下，團(tuán)隊(duì)與川內(nèi)生物制藥企業(yè)景澤生物展開合作，針對(duì)企業(yè)在小核酸藥物研發(fā)的具體需求，采用人工智能技術(shù)開發(fā)了一種siRNA化學(xué)修飾設(shè)計(jì)工具Cm-siRPred。該工具目前已成功應(yīng)用于企業(yè)的siRNA藥物研發(fā)管線。除發(fā)表研究論文外，團(tuán)隊(duì)還與企業(yè)共同申請(qǐng)了相關(guān)的國(guó)家發(fā)明專利和軟件著作權(quán)，進(jìn)一步加強(qiáng)了科研成果的轉(zhuǎn)化應(yīng)用。

2024年3月8日，以“MCSdb, a database of proteins residing in membrane contact sites”為題，在《Scientific Data》（中科院二區(qū)）發(fā)表研究論文，醫(yī)學(xué)技術(shù)學(xué)院2020級(jí)本科生潘賢潤(rùn)為該論文的第一作者，張楊副教授為論文通訊作者，該研究開發(fā)了膜接觸位點(diǎn)（Membrane Contact Site，MCS）的數(shù)據(jù)庫(kù)MCSdb，收錄了MCS駐留蛋白的全面信息，為解析MCS功能及細(xì)胞器間的通訊提供了重要資源。

2024年1月6日，以“Attention is all you need: utilizing attention in AI-enabled drug discovery”為題，在《Briefings in Bioinformatics》（中科院二區(qū)，top期刊）發(fā)表綜述論文，張楊副教授為論文通訊作者，該論文以萬(wàn)字長(zhǎng)文形式深入探討了人工智能領(lǐng)域的核心技術(shù)—注意力機(jī)制及其衍生模型的基本原理，以及這些模型在小分子藥物研發(fā)中的顯著優(yōu)勢(shì)。文章詳細(xì)闡述了注意力機(jī)制在藥物研發(fā)的多個(gè)環(huán)節(jié)，如分子篩選、靶點(diǎn)結(jié)合、性質(zhì)預(yù)測(cè)和分子生成等方面的實(shí)際應(yīng)用，展示了其在推動(dòng)藥物發(fā)現(xiàn)過(guò)程中的重要作用。

2023年11月2日，以“P450Rdb: A manually curated database of reactions catalyzed by cytochrome P450 enzymes”為題，在《Journal of Advanced Research》（中科院一區(qū)，top期刊）發(fā)表研究論文，張楊副教授為論文第一作者，該工作開發(fā)了P450Rdb數(shù)據(jù)庫(kù)，1600條細(xì)胞色素P450酶催化的反應(yīng)的全方位信息，為藥用植物天然產(chǎn)物的生物合成提供重要數(shù)據(jù)基礎(chǔ)。

張楊副教授在生物制藥相關(guān)的算法及數(shù)據(jù)庫(kù)研究領(lǐng)域取得的一系列成果，不僅推動(dòng)了人工智能、大數(shù)據(jù)等新技術(shù)和新方法在天然產(chǎn)物、小分子及生物制藥領(lǐng)域的應(yīng)用，還加強(qiáng)了學(xué)術(shù)界與產(chǎn)業(yè)界的合作。研究展示了AI在提升藥物研發(fā)效率方面的巨大潛力，有效促進(jìn)了理論成果向?qū)嶋H應(yīng)用的轉(zhuǎn)化，進(jìn)一步突顯了科技創(chuàng)新在現(xiàn)代藥物開發(fā)中的關(guān)鍵作用。

系列研究獲得國(guó)家自然科學(xué)基金的資助（62071099, 62202069）。

全文鏈接：https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/advs.202400009

https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0141813024014417

https://www.nature.com/articles/s41597-024-03104-7

https://academic.oup.com/bib/article/25/1/bbad467/7512647

https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2090123223003168